El 13 de mayo de 1830 una asamblea de notables, reunida en Quito, resolvió la separación del Distrito del Sur de la Gran Colombia como un estado independiente. Al saberlo, el mariscal Antonio José de Sucre, que se encontraba en Bogotá, se dirigió rápidamente a Quito para impedir la secesión. Desafortunadamente, al atravesar la selva de Berruecos, cerca de Pasto, fue emboscado y asesinado. La participación de Juan José Flores como autor intelectual del crimen nunca fue comprobada pero tampoco descartada. Hay quienes afirman que, eliminando a Sucre, Flores quedaba sin oponente para asumir el poder del estado incipiente.
Sea de esto lo que fuere, desde el 14 de agosto de 1830 se reunió en Riobamba la Asamblea Constituyente que, además de redactar la primera constitución del Ecuador, expidió la ley que designaba las armas del estado naciente. Estando tan cerca la vinculación con la Gran Colombia, se decidió usar “…las armas de Colombia en campo azul celeste con el agregado de un sol en la línea equinoccial y un lema que diga ‘el Ecuador en Colombia’…”.
Esta primera versión del escudo nacional no duró mucho tiempo, pues en 1832, al sancionar la Ley de Moneda, el presidente Juan José Flores decretó en el artículo 2: “…en el anverso se grabarán las Armas del Estado, compuestas de dos cerritos que se reúnen por sus faldas, sobre cada uno de ellos aparecerá posada un águila; y el sol llenará el fondo del plano… En la circunferencia se inscribirá este mote: El Poder en la Constitución; al pie de los cerritos el año de acuñación”.
Curiosamente, parece que Flores mandó también colocar esta versión del escudo en la vajilla presidencial. De esto dan fe dos platos de porcelana que se conservan en la Sala de Historia del Centro Cultural Biblioteca Ecuatoriana Aurelio Espinosa Pólit en Cotocollao, Quito.
A lo largo del siglo XIX existieron otras versiones del escudo nacional, entre ellas, la propuesta por la Revolución Marcista de 1845 y la que fue empleada en tiempos de García Moreno. Esta última presenta casi todos los elementos del escudo actual aunque con algunos detalles diferentes. Finalmente, la versión que todos conocemos fue aprobada el 31 de octubre de 1900.